マテリアルはより良いパフォーマンスを発揮するため、そしてNature Rendererがマテリアルにいくつかの追加の設定をする必要があるため、ランタイムでインスタンス化・キャッシュされます。これは、マテリアルを変更した際に、その変更が見えないことを意味しています。
新しい変更を適用・表示するためには、以下のようにNatureRenderer.FlushMaterialsを呼び出してください。
Using VisualDesignCafe.Rendering.Nature
GetComponent<NatureRenderer>().FlushMaterials();